Os sistemas agroflorestais, além de variáveis, são muito flexíveis, permitindo a utilização de espécies e ecossitemas de todo o mundo. Essa flexibilidade, ao mesmo tempo em que gera uma liberdade de ação para o produtor, impossibilita apelação a qualquer tipo de manual ou "receita" sobre qual a melhor maneira de se implantar e conduzir o sistema. Para cada local deve ser encontrado um manejo específico e preferencialmente baseado nos princípios agroecológicos, a fim de garantir a produção de alimentos de alta qualidade biológica aliada à uma estabilidade ecológica e sócioeconômica da produção no longo prazo. Ajustando-se de acordo com o tamanho da propriedade e com o nível econômico dos gerenciadores do sistema, os SAFs podem atender desde agricultores familiares em pequenos hortos caseiros até grandes empresas em plantações florestais.

De acordo com os pesquisadores Eduardo Mendonza e Maria Bertalot, os benefícios gerados pelos SAFs, podem ser divididos em dois aspectos : biológico e sócioeconômico. Veja, a seguir, cada aspecto descrito com detalhes.

1. Otimização na utilização do espaço da propriedade pelo aproveitamento dos diferentes estratos verticais (vegetação rasteira, arbustos, árvores altas), resultando em maior produção de biomassa (quantidade de matéria orgânica gerada pelas plantas).
2. Melhoramento das características químicas, físicas e biológicas do solo. Isso ocorre graças à decomposição e incorporação da matéria orgânica e penetração das raízes das árvores no solo. Os diferentes comprimentos de raízes existentes no solo, com a presença de árvores, auxiliam também na redução potencial da erosão.
3. A produção total obtida de uma mistura de árvores e culturas agrícolas ou criações de animais é freqüentemente maior que a produzida nas monoculturas.
4. Tem maior facilidade em se adaptar a um manejo agroecológico, `a medida em que a diversidade de espécies torna todo o sistema mais vigoroso, dispensando o uso de agrotóxicos e fertilizantes sintéticos.
5. Reduz o risco de perda total da cultura principal, já que os possíveis ataques de pragas e doenças são distribuídos entre várias espécies de plantas, diminuindo os danos à cultura de maior valor comercial.
6. Permite o uso econômico da sombra. O rebanho bovino, assim como culturas como o café e o cacau, se beneficiam da sombra de outras árvores.

1. Fornecimento de uma maior variedade de produtos e/ou serviços da mesma área de terra. Estes produtos podem ser: alimentos, lenha, adubo verde, plantas medicinais e ornamentais, sombra, quebra-ventos e embelezamento da paisagem.
2. Promove uma distribuição mais uniforme do serviço e da receita gerada, devido a um trabalho contínuo e à obtenção de diversas colheitas.
3. A diversidade de produtos colhidos reduz dois tipos de risco: o de impacto econômico derivado da flutuação de preços no mercado e o de perda total da colheita, quando se tem uma única cultura.
4. A associação de culturas anuais (como grãos) ou de ciclo curto (como hortaliças) juntamente com as árvores reduz os custos de implantação do sistema agroflorestal. No longo prazo o custo também é minimizado quando as árvores começam a gerar produtos comercializáveis, como madeira e frutas, por exemplo.